ফলে ১৯ মার্চ সোহরাওয়াদী উদ্যানে ও ২৪ মার্চ ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ে পাকিস্তানের গভর্নর মোহাম্মদ আলী জিন্নাহ যখন উর্দুকে পাকিস্তানের রাষ্ট্রভাষা হিসেবে ঘোষণা করেছিল; তখন নিশঙ্ক চিত্তে সবাই একযোগে ‘না’ ‘না’ বলে প্রতিবাদের ঢেউ তোলে।
সোহরাওয়ার্দী উদ্যানে সামনে থেকে যারা জিন্নাহর ঘোষণার প্রতিবাদ জানিয়েছিলেন, তাদের মধ্যেও অন্যতম একজন ছিলেন শেখ মুজিব।
এরপর ভাষা আন্দোলন দেশজুড়ে ছড়িয়ে পড়ায়, ১৯৪৮ সালের ১১ সেপ্টেম্বর আবারো শেখ মুজিবকে গ্রেফতার করা হয়।
১৯৪৯ সালে তিনি মুক্ত হলেও বেশিদিন বাইরে থাকতে পারেননি। ঢাকা বিশ্ববিদ্যালয়ের চতুর্থ শ্রেণির কর্মচারীদের অধিকারের পক্ষে আন্দোলন গড়ে তোলার কারণে তার ছাত্রত্বও বাতিল করা হয় এবং প্রধানত ভাষা আন্দোলনকে দমিয়ে দেওয়ার জন্য ১৯ এপ্রিল তাকে আবারো জেলে ঢোকায় পাকিস্তানিরা।
ছাত্রলীগ নেতা হিসেবে জেলে থাকা অবস্থাতেই, (২৩-২৪ জুন) আওয়ামী লীগের প্রতিষ্ঠাতা যুগ্ম সম্পাদক হন তিনি।
কারামুক্ত হয়ে, ২৯ জুলাই নারায়ণগঞ্জে ছাত্রলীগের প্রকাশ্য সম্মেলনে বাংলাকে রাষ্ট্রভাষা করা, পূর্ব বাংলার স্বায়ত্তশাসন এবং পাকিস্তানের নৌবাহিনীর সদরদফতর করাচি থেকে চট্টগ্রামে স্থানান্তরের দাবি জানান তরুণ আওয়ামী লীগ নেতা শেখ মুজিবুর রহমান।